Milz gehört zu den ältesten Ansiedlungen im Thüringer Grabfeld. Der Ort wird 783 erstmalig urkundlich erwähnt: Die Abtissin Emhilt bekannte sich in einer Urkunde zur Klostergründung in Milz. Das Kloster war reich begütert und daher ständig von slawischen Stämmen aus Böhmen bedroht. Zur Zeit der Gauverfassung war der Ort ein Reichsgut von großem Ansehen und ähnlich einer Stadt bedacht. Im 16. und 17. Jahrhundert gab es in Milz ein reiches Handelsleben, Wirtschaft und Gewerbe florierten. Im Ort gab es drei Tore, zwei von ihnen mussten wegen Baufälligkeit abgetragen werden. Nur das Gebäude des Oberen Tors hat alle Wirren der Zeit überstanden. Das 1993/94 sanierte Torhaus gilt neben der 1520 erbauten Wehrkirche als Wahrzeichen des Dorfes.
Nach Südosten war das Dorf durch den Flusslauf der Milz gegen Angriffe geschützt, während es im Nordwesten von einem breiten Graben halbkreisförmig umgeben war. Diese Befestigungsart ist heute noch an der Kirche sichtbar. Die günstige Verkehrslage an der alten Handelsstraße von Königshofen über St. Bernhard in das Werratal war in wirtschaftlicher, politischer und kirchlicher Hinsicht von großer Bedeutung. Sie trug maßgeblich dazu bei, dass man 1650 in Milz an die Errichtung einer eigenen Poststation ging. Zweimal wöchentlich zog damals der reitende Bote von Nürnberg über Bamberg und Milz nach Meiningen.
Die zahlreichen Fachwerkhäuser zeugen noch heute vom handwerklichen Geschick ihrer Bewohner. Der gesamte Ortskern wurde 1992 unter Denkmalschutz gestellt.